此外，沣东新城划归西咸新区管理之后，地跨未央区和沣东新城二地的汉长安城遗址保护也可能要分为两个单位来管理。

王圣学认为，将西咸新区做实，从城市管理和发展看有不利影响，而且增加行政环节。他建议，应该采取开发区与行政区利益共享的合作机制，否则不利于西咸一体化发展。

“从西咸新区的角度看，它要发展就要做实，但从国家角度看，要推进西咸一体化。”张宝通告诉记者，这是局部利益与全局利益的关系，站在全局角度，要消除体制矛盾就得推进大西安，否则单独哪家都无法支撑起丝绸之路经济带和西安自贸区战略。对于这些问题，记者致电致函西咸新区，截至发稿前尚未得到对方置评。