2010年1月，南方科技大学筹备办公室全面接收原南开大学深圳金融工程学院作为南方科技大大学（筹）启动校区。

2010年2月25日，深圳市机构编制委员会下发《关于设立南方科技大学（筹）的通知》（深编[2010]23号）。文件明确南方科技大学（筹）为深圳市政府的直属事业单位，经费形式为市财政核拨。南方科技大学将尝试事业单位法人治理结构改革。2010年度核拨给南方科技大学的员额为50人。

2010年12月18日，南科大在未获得教育部批准招生情况下举办首场招生咨询会，现场异常火爆。

2011年03月1日，南科大正式开学，46名新生报道，3月20日正式上课。

2011年3月11日，教育部向广东省人民政府发出该通知，同意筹建南科大，学校代码为14325。教育部批准筹建期的南科大可以试办本科专业。南科大由广东省领导和管理，学校发展所需经费由广东省统筹解决。