2009年6月，深圳市委常委会议同意聘任朱清时院士为南方科技大学（筹）创校校长。

2009年9月，深圳市代市长王荣向朱清时院士颁发南方科技大学（筹）创校校长聘书，标志着南方科技大学（筹）进入了一个新的发展阶段。

2009年12月，深圳市代市长王荣主持召开南方科技大学筹建工作领导小组第一次全体会议，强调要把筹建南方科技大学提升为落实《深圳市综合配套改革总体方案》的重要任务，明确办学思路，全力以赴、扎扎实实推进各项筹备工作。

2009年12月21日，朱清时校长参加澳门回归10周年暨澳门大学横琴岛校区破土动工仪式。