2008年3月，深圳市机构编制委员会下发《关于成立南方科技大学筹备办的通知》，筹备办负责学校批准设立和招生办学前的各项筹备工作。

2008年3月至12月，深圳市有关部门同意南方科技大学校区建设工程计划立项，明确校区选址区域和用地面积，并通过了环境保护评估。

2009年1月，深圳市政府通过了南方科技大学校园规划实施方案。

2009年3月，南方科技大学校长遴选委员会召开会议，朱清时院士以全票当选拟任校长第一候选人。

2009年4月，深圳市有关部门明确南方科技大学选址南山区西丽塘朗山片区，占地面积197.981万平方米，总建筑面积63万平方米。该项分三期建设，预计总投资24.8686亿元，其中一期投资14.6291亿元。