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另一方面，路局过多导致铁路网分割过碎，市场交易成本偏高，运输协调困难。上述铁总人士称，以前在计划经济时代，实行统收统支，吃的是大锅饭，铁道部能起到在调度上统一指挥和收入分配上杀丰补歉的作用，但现在推行市场化改革，不少路局、合资公司都想自己独立经营创收，管理破碎问题马上凸现出来。
按区域横向拆并
根据此前各个路局间最为常见的一个传言版本，既有的18个铁路局将分别整合为东北铁路集团、京津铁路集团、华东铁路集团、中原铁路集团、华南铁路集团、西南铁路集团以及西北铁路集团。
北交大经管学院教授赵坚认为，在全国组建几个大的区域铁路集团，从企业规模上更有优势，也有利于企业自主经营，但以往铁道部的主管领导在涉及这一方案时往往担心它会破坏路网的统一性，无法确保大干线的畅通，因此不敢贸然实施。
但赵坚认为，今年“两会”出来了铁路机构改革方案之后，上述担忧或许能够得到解决，因为国家铁路局和铁总已经分家，成为一个相对超脱的管理和监督机构，或能在一定程度上督促和责令各大区域公司在追求企业自身利润的同时也要顾及其社会责任和一定的公益性，其中自然也包括保证重大干线的畅通和路网的相对统一。
以往反对区域分割的另一理由是在各自区域内铁路路网仍然是垄断的，然而赵坚认为这一层也是过虑了，铁路路网具有天然垄断性，这可能是全世界的通例，但在路网之上的运营，则可以适当引入竞争，这一点与区域分割的改革并不矛盾。也就是说，区域分割之后，如果其垄断性导致铁路运营效率过低、社会资本进入积极性不高，则可以继续进行各自区域内的网运分离改革。
