云南省审计厅于2012年10月16日至11月23日，对云南蒙新高速公路建设指挥部（以下简称指挥部）负责承建的蒙新高速项目竣工决算及绩效情况进行了审计。审计结果显示，该项目存在多计工程价款1261.15万元，多计待摊投资48.94万元，多付工程款534.53万元，以及建设资金不到位46128.83万元，应缴未缴建安营业税金3810.1万元。

此外，记者还发现，此条高速公路还存在局部质量问题。上述审计结果显示，“蒙新高速公路黑冲沟、牛棚两座刚构特大桥存在局部质量缺陷，给行车安全带来潜在质量隐患。”

对这两座“病桥”将如何处理？云南省审计厅称，对蒙新高速公路黑冲沟、牛棚两座刚构特大桥存在局部质量缺陷问题，指挥部已通过招标完成了两座刚构桥的病害检测、评估和施工图设计工作，并对相关责任进行划分，由相关责任单位承担桥梁缺陷修复费用。

此外，对多计工程价款的问题，指挥部已按照审定金额支付施工单位工程款；对多计待摊投资—勘察设计费的问题，已予以调减；对多付工程款的问题，指挥部已制定相应的工作计划，限期收回超付工程款；对项目资金不到位的问题，近期云南省公路开发投资有限责任公司已拨付建设资金4300万元，剩余资金正在积极筹措中；对应缴未缴税金问题，已缴纳税金570万元，其余部分在建设资金到位的前提下，尽快补交。