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这些项目的筹资将采取多元化投资方式，这些项目不光是建设轨道本身，还包括物业的开发，即“交通+社区”的枢纽型站点，广东省首批规划了6个重点型枢纽站点，将来轻轨的建设和周边红线内、红线外的和地下、地上的物业开发将统筹打包，统一进行招标。鼓励民间资本采取独资、控股、参股或者以BT（建设-移交）、BOT（建设-运营-移交）、PPP（公私合作）等方式参与投资建设运营。由于项目投资额较大，企业可组成联合体统一投标开发。
红线内外的开发主体有别，按照广东省发改委的相关规定，红线内土地开发工作由轨道交通项目业主承担。其中，广东珠三角城际轨道交通有限公司（以下简称珠三角城际公司）负责建设的项目，由珠三角城际公司设立的土地开发公司负责项目红线内土地开发，该土地开发公司的日常工作由广东省铁投集团主导开展。
红线外土地开发采取“一市一公司、一地一政策”的原则，由省市联合开发，或者由沿线市负责开发，具体由省市协商确定。其中，省市联合开发的，由省铁投集团作为省级出资人代表，分别与各沿线市出资人代表成立由省方主导的合资开发公司，省市在合资开发公司的股权比例由省市双方协商确定（市级出资比例应低于50%），并按股比分享开发净收益。
一位地方铁路办的人士表示，省市在开发问题上也有一些不同的意见，省方面更多地考虑总体的利益，而市方面则希望线路走向上更多地倾向于本地，以利于本地的土地开发、城市建设和物流运输，市一级地方政府的谈判筹码在于土地征拆，这一事项的具体操作需要当地政府来完成，而这会影响到项目的开工和建设进度。
