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2010年12月8日，最高法、最高检、中央编办、财政部、人力资源和社会保障部、铁道部联合印发《关于铁路法院检察院管理体制改革若干问题的意见》，对铁路检察院管理体制改革后的干部管理、法律职务任免、业务管辖、资产移交、经费保障等作出了具体规定。
2010年底至2011年初，基于上述文件精神和铁路检察院法律监督对象跨行政区划的特点，最高检对铁检管理体制改革工作作出总体部署——
铁路检察院移交后，两级铁路检察院均作为省级院派出机构，由所在省级有关机构直接管理。省级检察院领导设置在本省（区、市）区域内的铁检分院或基层铁检院的人财物等管理工作，铁检分院领导设置在本省（区、市）区域内的基层铁检院，同时领导属于本铁路局域范围但设置在外省（区、市）区域内的基层铁检院业务工作。
内容
办案体制等暂时不变
铁路检察院业务管辖范围、办案体制机制和司法程序等在新的法律、规定实施前暂时保持不变。移交省级检察院管理后，铁检机关是国家依法设置的专门检察院，行使对铁路交通领域的专门法律监督职责。
随着移交工作的完成，铁路检察院的管理与铁路部门企业分离，人财物纳入了所在省市自治区党委政府公务员管理，其最终纳入了应在的国家司法管理体系。
