整治污染水体的同时，加强良好水质湖泊保护。四川省与云南省共同开展了泸沽湖生态保护项目建设，四川省盐源县和云南省宁南县建立了泸沽湖共同环境监管机制，实施区域联动。全面启动了白龙湖、邛海、黑龙滩等大型湖库的综合整治，通过建设污染治理设施和生态保障措施，加强水质保障率。

畜禽养殖粪污，是农村水环境和大气环境的重要污染源。“十二五”全省开展了科学划定养殖区工作，加大了新建养殖企业环评和“三同时”制度执行力度，全力推进规模化畜禽养殖污染整治。四川省坚持畜牧业布局与种植业发展相对接，发展种养加循环、林养加循环的生态养殖与污染防治模式。今年，全省又新建规模化畜禽养殖场粪污配套处理设施274个。按照“植物生产、动物转化、微生物还原”思路，四川省实现了农业循环经济发展突破，目前畜禽养殖污染严重状况得到有效遏制。

据省环保厅介绍，“十三五”农村环境监管将严格执行“水十条”，开展水源地水质动态更新调查和水源地环境评估，推进釜溪河、威远河等重点小流域水环境整治，将总磷纳入流域整治范围。中央连片整治和省级环保民生工程资金，将主要用于岷江上游饮用水源保护区和未达标的集中式饮用水水源地所涉及的农村地区环境整治，优先开展水源地周边集雨区范围内的村庄整治。