设立综合保税区的意义之一在于“筑巢引凤”，过去喀什在国内的进出口贸易体系中，主要扮演货物中转枢纽作用，对本地产业的带动效应并不明显。而喀什综合保税区的设立，正是希望改变这种现状，吸引更多的产业来喀什落地。

据21世纪经济报道，喀什特区有望成为“中国-中亚自由贸易区”重要载体。

“中国-中亚自由贸易区”是指在新疆建立中国-和哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、土库曼斯坦五国的自由贸易区，其设立机制和运行条件都将参照中国-东盟自由贸易区的相关经验，对此新疆学界已经倡议多年。

国务院近期正式下发文件《国务院关于同意设立喀什综合保税区的批复》，这意味着筹备三年之久的南疆首个综合保税区正式成立。

2011年《国务院关于支持喀什霍尔果斯经济开发区建设的若干意见》提出，支持在经济开发区内设立海关特殊监管区。同年，海关总署发布的《关于进一步支持新疆发展和稳定的8项措施》提出，在喀什经济开发区积极培育设立海关特殊监管区域和以喀什为重点规划布局海关特殊监管区域。

2013年5月，国务院批准的《喀什经济开发区总体发展规划》提出，依托喀什国际机场和国际铁路货运站，推动设立、建设喀什综合保税区。