“铁道部撤并这一步必须得走。”北交大运输学院教授胡思继表示，当年民航总局并入交通部，是民航系统先进行了破除垄断的改革，再实行机构改革，铁道部按说也应该按这个顺序来，但铁路改革先后错过了1998年、2003年、2008年三个有利的时间窗口，改革阻力变得越来越大，机构改革这一斧子劈下去，可以先使铁道部门弱势化，其人事、经营等最重大的权力被肢解或接管，后续的政企分开等深层改革才能势如破竹。

北京交通大学经管学院教授荣朝和认为，铁路改革应包含三项涵义：一是机构改革，即铁道部并入交通部；二是政企分开，即把铁路的运营、建设职能剥离，运营部门从铁道部中划分出来成立铁路运输总公司，再根据“网运分离”或者“区域分割”的理念切割成不同的板块和部门，使铁路主管部门只具有公共服务和行业指导的职能。三是解决铁路债务问题。

新世纪以来，由于铁路建设突飞猛进，尤其是大量高铁项目上马，铁道部已经巨债缠身。截至2012年三季度，铁道部负债26607亿元，资产负债率达61.81%。而同一时期铁道部税后亏损85.41亿元。这是未来铁路改革推进面临的棘手难题。