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而在农村商业银行投资设立、参股境内银行业金融机构上，新《办法》将申请条件中的“最近2年监管评级2级以上”的规定，更改为“监管评级良好”的表述;“最近3年无严重违法违规行为和因内部管理问题导致的重大案件”降低至“最近2年”。在去年的《办法》中，农村商业银行投资设立、参股、收购境内银行业金融机构时，占其股本总额10%以上的，要由银监会受理并初步审查，银监会审查并决定;而在今年修订后的《办法》中，去掉了股本总额10%的限制，并且更改为统一由银监分局或所在城市银监局受理，银监局审查并决定，事后报告银监会即可。
除此之外，农村商业银行在设立分行和在注册地辖区外设立支行时，申请条件也由“最近2年监管评级2级以上”变更为“监管评级良好”;在注册地辖区内设立支行时，申请条件由“上一年度监管评级3级以上”变更为“最近1年无严重违法违规行为和因内部管理问题导致的重大案件”。
同样，由“银监会审核并决定”更改为“银监局审查并决定，事后报告银监会”的规定还适用于农村中小金融机构在境内外公开募集股份和上市交易股份，申请募集次级定期债务、发行二级资本债券、混合资本债、金融债及须经监管机构许可的其他债务、资本补充工具，申请开办衍生产品交易业务，申请开办独立品牌信用卡发卡业务、收单业务，省(自治区)农村信用社联合社申请统一信用卡品牌，申请开办离岸银行业务或增加业务品种等。
