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民营银行公司治理不尽完善，个别银行爆发危机
台湾地区开放民营银行后，新设民营银行大多被大企业财团所控制。根据相关规定，监管机构要求银行20%的股份必须公开招募，以保证新银行的股权分散。但实践证明，作为发起人的企业财团控股比例还是过高，一些民营银行设立后依然出现大股东操控董事会的现象。尽管监管机构对关联人贷款等行为进行限制，但一些银行转而采取对其他财团相互贷款，通过交叉授信等变通做法规避监管。与此同时，还出现了一些财团通过炒作所控制的上市银行股票进行内幕交易的公司治理丑闻。
1997年亚洲危机后，台湾地区经济衰退，岛内至少20余家企业集团爆发了财务危机，累计了数千亿元新台币的金融债务，造成银行巨额坏账，数家银行出现财务危机，其中如泛亚银行、中兴银行等均为新设民营银行。2000年，监管部门查实18家银行涉嫌违规贷款。2006年12月，台湾力霸集团旗下两家上市公司发生财务危机并进入破产保护程序，其旗下中华商业银行因涉嫌巨额违规内部贷款等问题而遭遇严重挤兑，迫使台湾地区监管当局紧急接管该行，银行股重挫近百点，引发了台湾地区金融体系首次跨市场危机。中华商业银行弊案涉及银行关联人贷款、董事监事股票高额质押贷款、虚假财务报告及上市公司交叉持股等诸多问题，暴露了台湾地区金融监管失效与银行公司治理不尽完善的现状。
针对民营银行的公司治理问题，台湾地区有关部门也进行了一些改革，先后对“银行法”“证券交易法”等有关规定进行了修改。首先，明确了独立董事及董事会席位分配的相关要求，防止少数股东垄断银行经营，并对审计委员会设置等进行了完善，增强银行内部监督功能，同时还加大了对违反“银行法”的处罚力度。此外，为防止企业将银行作为利益输送的工具，监管机构对关联人贷款等行为进行更为广泛而严格的规范和限制。
民营银行爆发危机时缺乏有效的退出机制
台湾地区金融机构早期的市场退出往往采取所谓“概括承受”的办法，即当某一银行面临财务危机时，监管机构组织几家财务健全的公营银行集体参与问题银行的救助，并接管问题银行直至它恢复正常营运。但因为缺乏有效和明确的退出机制，往往出现监管不力，对资产质量恶化的金融机构拖而不决、姑息纵容等问题。虽然台湾地区早于1985年就成立了“中央存款保险（放心保）公司”，但早期采取“自由投保”方式，部分基层金融机构并未参加保险。此外，最高保险额度限定为100万元台币，危机时常引起大额存款人恐慌。2000年，台湾中兴银行出现问题并被监管机构接管，当时净资产还有70亿元新台币，但由于监管机构没有果断处理，拖至2003年时银行已亏损达400多亿新台币，加大了处理成本。
