|
2011年6月19日，南科大内部出现分歧，多位核心团队成员离开。朱清时对此回应，称三位港科大教授系因薪酬方面原因离开。对于教授离去，南科大学生和家长都表示这种做法是"落井下石"，力挺朱清时和南科大。有家长表示离开的教授从未给学生上过课。
2011年6月29日，南科大一名学生退学称不满拒绝高考行动，朱清时回应称每个学校都会遇到学生退学，对于学生离开一事，朱清时称"不上课和不参加考试"才是该学生离开的真正原因。退学学生事后承认自己言论偏激了，对于未来他表示会复读一年，明年再次高考。
2011年7月16日，南科大召开首次理事会会议。南科大理事会共有20多位，而昨日出席的理事共20名，其中有一半是厅局级以上官员，还有6名大学校长和4名企业董事长。有6位现任或原任大学校长出任理事，分别为北京师范大学校长钟秉林、南方科技大学校长朱清时、北京航空航天大学原校长李未、中山大学原党委书记李延保、上海交通大学原校长谢绳武、香港科技大学创校校长吴家玮，占到理事成员的30%。此外，还有20%理事来自企业界，包括平安公司董事长兼首席执行官马明哲、比亚迪公司董事长王传福、华侨城集团董事长任克雷、研祥集团董事长陈志列。
2011年12月3日，南方科技大学教育基金会召开理事会第一次会议，标志着该校教育基金会正式成立。南科大校长朱清时透露，学校已接收捐款超过200万元。
2012年4月24日，教育部日前向广东省政府发出通知，同意建立南方科技大学，学校代码为14325。
