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2011年05月03日，教育部公布除军校以及港澳台高校之外今年具有学历教育招生资格的高校名单，南方科技大学不在列。该校仍未获得招生权。
2011年5月10日，南科大网站公布《关于公开推荐选拔南方科技大学(筹)副校长等领导干部的公告》，其中，明确注明正局级行政级别的两个南科大副校长职位。截至10日，报名人数已达86人。朱清时在接受采访时说，学校虽然提出去行政化，但如果完全跟政府不对接，也有困难之处。对于任命正局级副校长一事，南科大被指架空朱清时的人事权。5月27日，南科大副校长9位候选人胜出。
2011年5月27日，教育部正式回应南科大45名教改班生须参加高考。朱清时表示不认同此做法。
2011年6月7日，南科大无人参加高考。45名学生集体缺考，考场被迫取消。
2011年6月9日，南科大对外公布《南方科技大学管理暂行办法》。"充分放权"和"鼓励创新"成为该《办法》的两个关键词，它赋予南科大在机构编制、人事财务、教学科研和招生收费等方面充分的自主权。
